การสวรรคตก่อนวัยอันควรของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 4 ได้เริ่มวงจรความขัดแย้งกลางเมืองอันรุนแรงขึ้นมาอีกครั้ง พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 11 พระราชโอรสของพระองค์มีพระชนมายุเพียง 1 พรรษา มาริอาจึงขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดิน ก่อให้เกิดการต่อสู้แย่งชิงอำนาจ ตำแหน่งผู้สำเร็จราชการแผ่นดินของมาริอาเป็นที่หมายตาของขุนนางหลายคน ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. 1314 พระราชินีได้ำบรรลุข้อตกลงซึ่งกำหนดให้การอบรมสั่งสอนกษัตริย์น้อยเป็นสิทธิ์ร่วมกันระหว่างมาริอากับอินฟันเตเปโดรและอินฟันเตฆวน พระอนุชาและพระปิตุลาของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 4 ตามลำดับ ทว่าการต่อสู้แย่งชิงอำนาจยังคงดำเนินต่อไปเป็นเวลาหลายปีจนอินฟันเตทั้งสองสิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1319 ในการสู้รบครั้งหายนะกับกรานาดา มาริอาจึงกลายเป็นผู้สำเร็จราชการแต่เพียงผู้เดียว พระราชินีต้องเผชิญหน้ากับการแย่งชิงสิทธิ์ในการสำเร็จราชการแผ่นดินของอินฟันเตฆวน มานุเอล, ฟีลิป, พระอนุชาของพระเจ้าซันโชที่ 4 และฆวน บุตรชายของอินฟันเตฆวนที่สิ้นพระชนม์ในปี ค.ศ. 1319 พระราชินีรับหน้าที่เป็นคนกลางอีกครั้งที่บายาโดลิด อินฟันเตแต่ละคนได้รับสิทธิ์ในการบริหารปกครองพื้นที่ของตนเอง ไม่กี่วันต่อมามาริอาสิ้นพระชนม์ในวันที่ 17 กรกฎาคม ค.ศ. 1321 ร่างของพระนางถูกฝังในอารามของเมืองดังกล่าว